Hoe oud de Stabijhoun precies is en waaruit zij zijn ontstaan is moeilijk na te gaan. De huidige Stabij's lijken een beetje op de honden, zoals afgebeeld op schilderijen uit 1600-1700. Vermoedelijk stamt de Stabijhoun af van de Spanjoel. Die conclusie wordt gebaseerd op gelijkenis met de hondjes die onder andere op de schilderijen van Jan Steen voorkomen. Zij waren kleiner van formaat, maar vrijwel gelijk in totaalbeeld, beharing en kleur.
1800 - 1900
Vanaf 1800 biedt de Friese literatuur meer houvast. Met de opkomst van de kynologie nam tevens de interesse in buitenlandse rassen toe en werd de Stabijhoun als jachthond verdrongen door de Duitse Staande honden en in mindere mate de Setters. De rol die veelal voor de Stabij overbleef was die van erfhond op de boerderij, die het ongedierte moest verdelgen en de landerijen diende vrij te houden van mollen. In de volksmond heetten de dieren vaak 'Bijke'. De Bijke wordt omschreven als "een sluikharige zwartbonte jachthond, die een groot vriend van kinderen is.
1900 - 1935
In de crisisjaren, de jaren twintig werden er verschrikkelijk veel mollen gevangen. De mollenvanger trok er op de fiets op uit en Bijke werd meegenomen in een korf die voor op de bagagedrager van de fiets bevestigd was. Men had twee methodes om mollen te vangen. Ten eerste: Bijke spoorde de verse molshoop op en bleef doodstil staan wachten op zijn baas. Eenmaal daar, wachten zij samen tot de mol weer begon te wroeten. Nu was het de kunst om op het moment dat de mol op het hoogste punt in de molshoop zat de schep eronder te steken en de mol op te wippen. Bijke ving de mol, schudde hem dood en gaf hem aan zijn baas. Bij de andere methode ving Bijke de mollen zelf uit de oppervlakkige mollengangen. Deze mollen waren vaak nog jong en hun velletjes waren niet veel waard. Deze methode werd gebruikt als het er in de eerste plaats om ging het land van de boer mollenvrij te houden. De goede velletjes waren voor de bontindustrie. De mol werd opengesneden, het velletje ging eraf en Bijke kreeg de inhoud. De velletjes gingen uitgespreid op een plankje om te drogen en werden dan verkocht.
1935 - 1998
De belangstelling voor de Stabijhoun werd rond 1938 serieus. In 1940 werd het initiatief genomen om in overleg met de Raad van Beheer op Kynologisch Gebied te komen tot de opstelling van raspunten voor de Stabijhoun. In het jaar 1942 erkende de Raad van Beheer de Stabijhoun en vanaf dat moment kon met de opbouw van het ras een aanvang worden genomen. De Raad van beheer keurde een lijst van raspunten van de Stabij goed en publiceerde dit in de officiële mededelingen van 10 februari 1944. In 1945 waren 25 Stabij's geregistreerd. De Nederlandse Vereniging voor Stabij- en Wetterhounen werd opgericht op 26 april 1947. In 1997 vierde deze vereniging haar gouden jubileum.
